Majlis Menaikkan Bendera Malaysia Sempena Hari Kebangsaan Malaysia 2016 telah diadakan pada pagi 31 Ogos 2016 di perkarangan Bangunan Canseri, Suruhajaya Tinggi Malaysia, Bandar Seri Begawan. Acara dimulakan dengan nyanyian Lagu Negaraku diikuti lagu Jalur Gemilang. Selepas bacaan doa, TYT Datuk Ghulam Jelani Khanizaman, Pesuruhjaya Tinggi Malaysia ke Negara Brunei Darussalam menyampaikan ucapan. Majlis ini telah dihadiri oleh Rakyat Malaysia serta keluarga.