Upacara menaik dan mengibarkan bendera "Jalur Gemilang" sempena Hari Kebangsaan Malaysia ke-59 telah dilaksanakan pada 31 Ogos 2016 di Kedutaan Besar Malaysia, Jakarta. Upacara ini telah disempurnakan oleh TYT Dato' Seri Zahrain Mohamed Hashim, Duta Besar Malaysia ke Indonesia. Turut hadir di upacara ini adalah Dato' Shariffah Norhana Syed Mustaffa, Wakil Tetap Malaysia ke ASEAN, pegawai-pegawai dari Perwakilan Tetap Malaysia ke ASEAN dan Kedutaan Besar Malaysia di Jakarta beserta keluarga, rakyat Malaysia dan pelajar-pelajar Malaysia di Jakarta.
Upacara dimulakan dengan nyanyian lagu "Negaraku" sambil bendera "Jalur Gemilang" dinaikkan oleh pegawai dari Pejabat Pertahanan di Kedutaan Besar Malaysia, Jakarta. Turut memeriahkan upacara adalah persembahan nyanyian lagu "31 Ogos" oleh anak-anak pegawai dan kakitangan Perwakilan Tetap Malaysia ke ASEAN dan Kedutaan Besar Malaysia, Jakarta. Penyampaian hadiah bagi Pertandingan Mewarna Hari Kebangsaan ke-59 untuk kanak-kanak turut diadakan pada hari berkenaan.